赛尔号在探索未知星系时意外被一股巨大的引力吸入不明宇宙黑洞，等到恢复意识时，发现飞船搁浅在一个由纯能量构成的异次元空间。这里的时间流速与外界完全不同，且四处散落着传说中圣者英卡洛斯的记忆碎片。而英卡洛斯，根据官方数据库记载，早在千年前的宇宙大战中就已经陨落。小赛尔和SPT小队在寻找能源核心的过程中，逐渐发现这个异次元空间本身就是圣者用自己的意志创造的“试炼场”——他还活着，但仅存的一丝意念正在快速消散。与此同时，黑暗海盗集团的残余势力也尾随而至，妄图夺取圣者的最后力量。一场关乎整个宇宙光暗平衡的最终对决，即将在时间夹缝中展开。
赛尔号系列最具哲学深度的一部剧场版。对“圣者”这个概念的诠释远超一般儿童动画，战斗场面华丽且情感饱满。老粉丝看了会泪目，新观众也能被宏大的设定吸引。
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